2013年8月，国务院正式批准以洋山保税港区、外高桥保税区等4个海关特殊监管区域为载体，设立中国（上海）自由贸易试验区。太仓港是国家定位的上海国际航运中心重要组成部分，是省委省政府重点建设的江苏第一外贸大港，是苏州和江苏对外开放的重要平台。
　　 经省、市政府同意，经过两年多的协调，最近，太仓港与上海港成功签署战略合作框架协议。按照框架协议，太仓港将与上海港在码头操作平台、物流运输体系、通关一体化、信息共享、相关政策等方面开展主动对接。太仓港与上海港成功合作、全面对接上海国际航运发展综合试验区和自由贸易试验区，对推动太仓港加快融入航运中心实现加快发展，支持和服务苏州设立自由贸易试验区，促进苏州和江苏经济转型发展，都将起到积极的推动作用。
 
        码头操作平台对接
 
　　太仓港与上海港成立合资公司共同经营太仓港集装箱三期下游两个码头泊位
 
　　为破解多年来瓶颈制约，推动航运资源要素加速向太仓港集聚，形成宽松的市场发展环境，太仓港与上海港开展了多轮合作洽谈，最近成功签署了战略合作框架协议。太仓港与上海港合资成立太仓港上港正和集装箱码头有限公司，共同经营管理太仓港集装箱三期下游两个5万吨级泊位（水工结构兼靠10万吨级集装箱船舶），太仓港港务集团有限公司持55%股份，上海港务（集团）股份有限公司持45%的股份。目前，合资码头公司已完成了资本金到位、工商登记、经营管理班子组建等一系列工作，并开始正式运营。与上海港成功合作，不仅引进了上海港资金、技术、人才、管理参与太仓港建设发展，也为社会航运资源要素进入太仓港创造了条件，更为太仓港融入上海航运中心、分享航运中心资源、参与航运中心分工、加入航运中心循环以及对接中国（上海）自由贸易试验区搭建了基础平台。
 
　　物流运输体系对接
 
　　开辟每8小时1班至洋山港支线班轮，全面引进近洋外贸航线
 
　　目前，大部分苏锡常地区外贸货物主要通过集卡陆路直运上海洋山港区或外高桥港区进出，长江中上游地区很大部分外贸货物通过水路驳运至外高桥，再从外高桥中转洋山港进出。为了切实解决苏锡常地区外贸货物集卡陆运洋山港费用高、道路堵、风险大等问题，解决外高桥港区拥堵状况，缓解上海交通压力，太仓港与上海港战略合作框架协议明确，将加强两港物流运输体系的对接，把外高桥至洋山穿梭巴士平台移植到太仓港，搭建太仓港至洋山港公共穿梭巴士平台，引导苏锡常地区集装箱“弃路改水”从太仓港出运，将原本到外高桥集并的重庆、武汉等长江中上游地区外贸集装箱调整至太仓港集并中转。按照计划，６月初投入8艘驳船，每艘舱位200－250标箱，开辟每周21班、每8小时１班“定点、定时、定线、定航次、定价”五定班轮，提供比陆路集卡直运物流模式更省、更快、更畅、更安全、更环保的远洋中转服务。据测算，仅长江中上游地区外贸集装箱调整至太仓港集并中转，太仓港每年将增加吞吐量60万标箱。太仓港与上海港战略合作框架协议还明确，太仓港与上海港将共同引导近洋外贸航线向太仓港转移，力争到今年年底太仓港近洋航线接近每周20班，其中日本航线达到每周8班，台湾地区航线达到每周3班，韩国航线达到每周3班，东南亚航线能够尽早开辟，推动太仓港加快建成江苏沿江集装箱运输近洋直达集散中心和集装箱干线港。
 
　　通关对接
 
　　太仓港至洋山港中转货物由两次申报简化为仅需在太仓港一次申报
 
　　一直以来，除海关信用评级为AA 类的企业外，大部分苏州企业货物经太仓港中转洋山港进出，出口需在太仓海关办理转关手续，再到上海海关办理通关手续；进口需在洋山港办理转关手续，再到太仓海关办理通关手续，这种通关模式手续多、时间长、效率低、成本高、异地处理难。为认真贯彻落实党的十八届三中全会关于“推动内陆同沿海沿边通关协作，实现口岸管理相关部门信息互换、监管互认、执法互助”的精神，太仓港将与上海港协商推动改革现有通关模式，努力实现沪太通关一体化。计划将太仓港作为上海港的港口延伸，企业在太仓港与洋山港之间的中转货物，无论是进口还是出口，都不需要在洋山港办理转关和通关手续，仅需在太仓港办理通关手续，真正实现货物进出口只需“一次申报、一次查验、一次放行”。目前，该项工作正在抓紧推进当中。
 
　　操作信息平台对接
 
　　通过接入和运用上海港长江内支线中转信息平台，实现两港信息共享共用
 
　　实现太仓港与上海港操作信息平台对接，是实现沪太通关一体化的前提。目前，太仓海关信息系统与上海海关信息系统没有完全实现互联互通，不能完全实现电子通关信息的共享共用。同时，两港码头操作系统也没有实现完全互联互通，货物从太仓港通过驳船中转洋山港，主要通过代理人工传递信息，中间环节多、手续繁杂、效率低下。为实现两港信息共享共用，太仓港与上海港将开展信息对接合作，计划打造两港统一信息平台，通过这个信息平台，企业可为太仓港中转洋山港的货物办理装卸、转运、通关等所有手续，并进行在线全程动态跟踪，太仓和上海两地海关作业状态可以进行信息查询，实现信息共享共用。
 
　　相关政策对接
 
　　努力争取上海航运发展综合试验区和中国（上海）自由贸易试验区相关政策在太仓港落地试行
 
　　2009年4月，国务院下发《关于推进上海加快发展现代服务业和先进制造业建设国际金融中心和国际航运中心的意见》（国发[2009]19号），决定建立国际航运发展综合试验区，并给予免征航运企业营业税、实施启运港退税、创新海关特殊监管区域管理制度等一系列特殊政策。2013年9月，国务院出台《中国（上海）自由贸易试验区总体方案》，给予中国（上海）自由贸易试验区一系列优惠政策。太仓港是国家定位的上海国际航运中心重要组成部分，拥有国家级综合保税区，太仓港与上海港建立了合作平台，为争取上海航运发展综合试验区和中国（上海）自由贸易试验区相关政策在合作平台上落地试行创造了基础和条件。早在2011年底，太仓港口管委会就在苏州工业园区、高新区、昆山设立三个服务中心，加强与当地政府和开发区沟通合作，做好相关政策争取准备工作。2012年，太仓港口管委会与市政府、省交通运输厅联合委托上海组合港办公室开展了“太仓港纳入上海国际航运发展综合试验区和自贸区方案研究”，形成的研究成果得到了市委市政府的大力支持。在市委市政府领导下，当前，太仓港正加强与太仓港综保区、园区综保区、昆山两岸产业合作试验区等特殊监管区域的“区港联动”，积极探索太仓港享受上海航运发展综合试验区乃至中国（上海）自由贸易试验区相关政策争取工作，努力争取相关政策在太仓港落地试行，并为争取苏州自由贸易试验区获批提供支持和服务。目前，已先期启动了太仓港成为“启运港退税政策”扩大试运港口争取工作。